現代農業科技有限公司創新體系在建設過程中可能出現的問題；（一）農業科技創新體制與其管理機制存在的矛盾；現在我國正在建設社會主義市場經濟，在建設過程中，還有一些比較突出的問題。由于現代農業科技創新這一架構及其管理模式的發展，農業現代化發展過程中存在的不足逐漸暴露出來。目前，我國建立的農業科研機構，在縱向上分為國家和地方，在兩個之間是分層的，投入主體不一樣；在橫向上，是根據我國行政區域的劃分設立農業科研機構，這種空間機構分布是成塊的，這些機構的層次和從屬不一樣。在進行科技攻關時，聯動體制上的分工協作很困難。在這種情況下，很難在農業研究機構之間實現橫向和縱向優化組合。同時，現在農業科技創新考評制度也存在問題，如考核指標片面化，主要是科研成果的數量、獲獎的多少、論文發表的多少等這些考核指標，在科研成果和其對應的產業所需是否匹配等方面并沒有得到重視，忽視了科研成果的實際應用以及它們體現出來的價值和效果，因此農業科技的發展受到很大的影響。（二）現代科技創新激勵機制不足；機制是相關事物運動的重要因素。事業良性發展的一個條件就是要有很完善的激勵機制。科技創新激勵機制在現代農業發展的過程中很重要，可是在許多農村地區，對于科技創新這樣具有劃時代意義的事業，并沒有完善的發展激勵機制。一些鄉村依舊維持傳統工作方法：將大部分精力用于行政工作，只有少數人進行科技創新，導致許多農民缺乏參與科技創新的積極性。因此，動員相關社會力量幫助創新農業科學技術，建立健全科技創新獎勵懲處制度是推動農村經濟發展的要點。農村地區需要在這些問題上建立規范、激勵機制。在農村地區，應該引導農民理解現代科技理論，認識農業科技創新體系，推動他們樹立科技創新意識，對他們進行組織指導，幫助他們進行探索。這樣，可以系統地掌握相關農業科技知識及技術，推動現代農業科技創新，使農業科技進一步發展。（三）農業科研創新保障條件不足；現代農業科技有限公司創新體系要進一步發展，就有相應的設備、人力以及費用做保障。由于資金不足，減少了農業科技創新技術的創新力。其次，政府部門在科技創新計劃的交接和資源配置問題上缺少溝通與協調，在部門內部還出現了一些基本問題，如在建設體系、研究對象、科技引進方面出現重復現象。現代農業科技體系推廣方法不當；相關工作人員的專業知識沒有及時更新，導致體系服務的落后；辦公環境差，設備陳舊。有些地區的植保站、防疫站等農業防災減災工作處于停頓狀態，根本無法保障農業的有效生產。